Cheikh Anta Diop est né le 29 décembre 1923 à Thieytou, dans le département de Bambey, région de Diourbel (Sénégal). Sa famille est d’origine artistocratique wolof. À l’âge de 23 ans, il part pour Paris afin d’étudier la physique et la chimie mais se tourne aussi vers l’histoire et les sciences sociales. Il suit en particulier les cours de Gaston Bachelard et de Frédéric Joliot-Curie. Il adopte un point de vue spécifiquement africain face à la vision de certains auteurs de l’époque selon laquelle les Africains sont des peuples sans passé.
En 1951, Diop prépare sous la direction de Marcel Griaule une thèse de doctorat à l’Université de Paris, dans laquelle il affirme que l’Égypte antique était peuplée d’Africains noirs, et que la langue et la culture égyptiennes se sont ensuite diffusées dans l’Afrique de l’Ouest. Il ne parvient pas dans un premier temps à réunir un jury mais, d’après Doué Gnonsoa, sa thèse rencontre un « grand écho » sous la forme d’un livre, Nations nègres et culture, publié en 1954. Il obtiendra finalement son doctorat en 1960. Il poursuit dans le même temps une spécialisation en physique nucléaire au laboratoire de chimie nucléaire du Collège de France. Diop met à profit sa formation pluridisciplinaire pour combiner plusieurs méthodes d’approche.
Il s’appuie sur des citations d’auteurs anciens comme Hérodote et Strabon pour illustrer sa théorie selon laquelle les Égyptiens anciens présentaient les mêmes traits physiques que les Africains noirs d’aujourd’hui (couleur de la peau, aspect des cheveux, du nez et des lèvres). Son interprétation de données d’ordre anthropologique (comme le rôle du matriarcat) et archéologique l’amène à conclure que la culture égyptienne est une culture nègre. Sur le plan linguistique, il considère en particulier que le wolof, parlé aujourd’hui en Afrique occidentale, est phonétiquement apparenté à la langue égyptienne antique.
Lorsqu’il obtient son doctorat en 1960, il revient au Sénégal enseigner comme maître de conférences à l’université de Dakar(depuis rebaptisée université Cheikh-Anta-Diop, UCAD). Il y obtiendra en 1981 le titre de professeur. Mais dès 1966, il crée au sein de cette université de Dakar le premier laboratoire africain de datation des fossiles archéologiques au radiocarbone, en collaboration avec celui du Commissariat français à l’énergie atomique (CEA) de Gif-sur-Yvette. Il y effectue des tests de mélanine sur des échantillons de peau de momies égyptiennes, dont l’interprétation permettrait, selon Diop, de confirmer les récits des auteurs grecs anciens sur la mélanodermie des anciens Égyptiens.
Dans les années 1970, Diop participe au comité scientifique international qui dirige, dans le cadre de l’UNESCO, l’élaboration de l’Histoire générale de l’Afrique (HGA), un projet éditorial ambitieux qui comptera huit volumes. Pour la rédaction de cet ouvrage, il participe en 1974 au Colloque international du Caire où il confronte les méthodes et résultats de ses recherches avec ceux des principaux spécialistes mondiaux. À la suite de ce colloque international, Diop rédige un chapitre sur « L’origine des anciens Égyptiens », et G. Mokhtar, professeur à l’université du Caire rédige le chapitre sur « L’Égypte pharaonique ». À la suite du chapitre 1, est publié un compte-rendu des débats lors du colloque qui mentionne l’accord des spécialistes — à l’exception de l’un d’entre eux — sur les éléments apportés par Cheikh Anta Diop et Théophile Obenga au sujet du peuplement de l’Égypte ancienne. Cependant, il est précisé que « de nombreuses objections ont été faites aux propositions du professeur Diop ; elles révèlent l’étendue d’un désaccord qui est demeuré profond ». Si, pour le professeur Jean Vercoutter, « l’Égypte était africaine dans son écriture, dans sa culture et dans sa manière de penser », la communauté scientifique reste néanmoins partagée sur la nature du peuplement de l’Égypte ancienne
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